Фамилия Субботченко образована от мирского имени Субботка — так на Руси называли ребёнка, родившегося в субботу. Само имя восходит к названию шестого дня недели, которое пришло в русский язык из древнееврейского: «шаббат», или «саббат», означает «покой», «день отдыха». В крестьянской среде имена по дням недели были распространены довольно широко: рядом с Субботкой встречались Неделя (так звали родившегося в воскресенье), Пятница, Середа. Это не церковные, а бытовые имена, которые давали не при крещении, а в повседневной жизни, и они легко закреплялись за человеком и переходили в фамилии.

Субботченко — фамилия украинского типа, что видно по суффиксу -енко, который в южнорусских и украинских землях означал «сын такого-то» или «потомок». Если Субботка — это отец, то Субботченко — буквально «Субботкин сын». Такая модель была особенно продуктивна в XVII–XVIII веках на Левобережной Украине и в слобожанских землях, откуда фамилия и распространилась дальше. Однокоренные русские варианты — Субботин, Субботкин, Суббота — образованы по другой модели, с суффиксами -ин и -ов, но основа у них общая.

Любопытно, что имя Субботка могло нести и дополнительный смысл. В народной традиции суббота считалась днём, когда полагалось завершать дела и готовиться к воскресному отдыху, поэтому родившегося в этот день иногда наделяли чертами человека спокойного, домовитого, умеющего наладить быт. Кроме того, имя Субботка бытовало и как охранительное: считалось, что «будничное» имя отводит от ребёнка внимание нечистой силы, которая охотнее цепляется к имени яркому, праздничному. Так что за простым, на первый взгляд, названием дня недели стоит целый пласт народных верований.

Сегодня фамилия Субботченко встречается преимущественно в Украине и в южных областях России, куда она попала вместе с переселенцами. Это фамилия не дворянская и не книжная, а именно народная, крестьянская и казацкая, и в этом её ценность: она сохранила живую память о том, как называли детей в старину и что значил для человека день его появления на свет.