Фамилия Субботинов — довольно редкий вариант среди «субботних» фамилий. В отличие от распространённой Субботин, здесь работает суффикс -ов, а не -ин, что сразу указывает на разную модель образования. Если Субботин — это «чей?» (сын Субботы), то Субботинов строится по схеме «отчество от отчества»: сначала было личное имя или прозвище Суббота, от него образовалась фамилия Субботин, а уже от неё — Субботинов. Такой двойной суффикс (-ин + -ов) типичен для поздних, вторичных фамилий, которые фиксировали не имя родоначальника, а фамилию его отца. Проще говоря: Субботинов — это «внук Субботы».

Основа та же, что и у всех «субботних» фамилий. До христианства на Руси было распространено нецерковное имя Суббота. Его давали ребёнку, родившемуся в этот день недели, — по той же логике, что имена Понедельник, Вторник, Среда. В церковных календарях такого имени нет, но в быту оно держалось веками, особенно в крестьянской и посадской среде. В XVI–XVII веках имя Суббота встречается в документах: например, в писцовых книгах упоминаются крестьяне с таким прозвищем. Позже оно стало фамилией, а уже потом, в XVIII–XIX веках, от неё могли образовать «внучатую» форму Субботинов.

Географически Субботиновы почти не встречаются за пределами России. Основной ареал — центральные и северные регионы: Вологодская, Архангельская, Костромская области, а также Поволжье. На юге и в Сибири фамилия редка. По переписям XIX века носители Субботиновых числились преимущественно государственными крестьянами и мещанами, дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Интересно сравнить с родственной фамилией Субботинский. Там суффикс -ский указывает на происхождение от географического названия (например, село Субботино), тогда как Субботинов — чисто отчество, без привязки к местности. Это значит, что предок Субботиновых не был помещиком или священником, а был простым человеком, чью фамилию просто «удлинили» при записи в метрической книге или ревизской сказке, чтобы отличить от однофамильцев. Такие случаи не редкость: в одной деревне могли жить два Субботина, и чтобы их различать, одного записывали как Субботинов, то есть «из семьи Субботиных».

В целом, фамилия Субботинов — это поздняя, книжная форма, которая говорит о том, что её носители происходят из среды, где фамилии уже устоялись, но их запись ещё не была строго нормирована.