Фамилия Субботинская — одна из тех, что сразу указывает на день недели. Её основа — слово «суббота», но, вопреки интуиции, Субботинскими в большинстве случаев становились не те, кто родился в этот день, а те, кто был крещён с именем Суббота. В дохристианской и раннехристианской традиции у восточных славян имя Суббота было некалендарным, охранительным: считалось, что именем, связанным с днём покоя, можно было «откупиться» от злых сил или болезней. Позже это имя превратилось в прозвище, а затем — в фамилию.

Суффикс -ск- в окончании Субботинская указывает на географическую или дворянскую модель образования. Такие фамилии чаще всего получали по названию места: село или деревня Субботино, Субботинское, где жил основатель рода. Если бы фамилия просто означала «сын Субботы», она звучала бы как Субботин. Форма на -ская характерна для шляхты, духовенства и переселенцев из западнорусских земель. В XVIII–XIX веках священникам при поступлении в семинарию нередко меняли «мужицкие» фамилии на более благозвучные с -ский, и Субботин мог превратиться в Субботинского. Для женского рода окончание -ая — естественное склонение: Субботинская — жена или дочь Субботинского.

Географически фамилия редкая. Основные очаги — западные регионы России (Брянская, Смоленская области) и восток Беларуси, где распространены топонимы Субботино и Субботники. В южнорусских и украинских землях чаще встречается вариант Субботин без суффикса -ск-. Интересно, что в польском языке суббота — sobota, и фамилия Субботинская могла возникнуть и на католических территориях Речи Посполитой, но там она писалась бы как Sobocińska или Sobotka.

Таким образом, носитель фамилии Субботинская, скорее всего, происходит из семьи, где предок либо носил охранительное имя Суббота, либо жил в селе с таким названием. Суффикс -ск- выдаёт либо дворянское, либо церковное происхождение рода, а женское окончание — просто грамматическую форму, принятую для фамилий этой модели.