Фамилия Субботская — яркий пример того, как географическое название или прозвище, связанное с днём недели, превратилось в наследственное именование. Её основа — слово «суббота», но не в прямом бытовом смысле, а через топоним или прозвище. В русской ономастике фамилии на -ский/-цкий традиционно указывают на связь с местностью: такую форму получали дворяне по названию своих владений (например, Трубецкой — от города Трубчевск), а позже — и выходцы из сёл и городов, переселявшиеся в другие края. Субботская, скорее всего, происходит от названия населённого пункта вроде Субботы, Субботово или Субботов — такие сёла известны в Беларуси, на Украине и в западных областях России. Человек, переехавший из такого места, получал прозвание «Субботский», а его жена или дочь — «Субботская».

Вторая версия, менее распространённая, но не менее интересная: прозвище «Суббота» могли дать ребёнку, родившемуся в этот день недели, или человеку, имевшему какую-то бытовую особенность, связанную с субботой — например, он устраивал базары или мылся в бане строго по субботам. В этом случае фамилия образовалась через патронимический суффикс -ск-: Субботский — «сын Субботы». Форма Субботская в таком контексте — женский вариант, хотя в современном употреблении она может принадлежать и мужчине, если фамилия не склоняется по родам (как, например, в украинской традиции).

Особенность фамилии — её суффикс. В отличие от массовых -ов/-ев, суффикс -ск- указывает на более позднее формирование (в основном с XVII–XVIII веков) и часто — на польское или украинское влияние, так как в Речи Посполитой такие фамилии были нормой для шляхты и мещан. Поэтому Субботская может иметь западнорусские или белорусские корни. Встречается она редко, сосредоточена в основном на территории бывшего Великого княжества Литовского — в Брестской, Гродненской областях, а также на Смоленщине. Однокоренные фамилии — Субботин, Субботинский, Суббота — гораздо многочисленнее, но Субботская выделяется именно своей топонимической «аристократичностью» и чёткой региональной привязкой.