Фамилия Субботова — женская форма фамилии Субботов. В основе лежит нецерковное имя или прозвище Суббота. На Руси детей, родившихся в субботу, нередко называли этим днём недели, что было обычной практикой до повсеместного распространения полных христианских имён. Такой способ имянаречения зафиксирован в древнерусских памятниках: например, в новгородских берестяных грамотах упоминается человек по имени Суббота.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ов- указывает на принадлежность («чей?» — Субботов, то есть сын или потомок Субботы). В русских фамилиях этот суффикс — один из самых распространённых, он закрепился в XVI–XVII веках, когда формировались основные фамильные кланы. Фамилия Субботов (и её женский вариант) встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, а также на Украине, где имя Суббота было особенно популярно среди казачества.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с прозвищем человека, который соблюдал субботний покой или имел отношение к субботним торгам. Однако первое объяснение — от имени по дню рождения — более убедительно и подтверждается массовостью подобных фамилий (Неделин, Пятницкий, Воскресенский).

В церковной среде фамилия могла возникнуть и от фамилии священника, служившего в храме, освящённом в честь субботы (например, в честь Великой Субботы), но это редкий случай. В любом варианте Субботова — фамилия с древней корневой основой, которая прямо говорит о времени появления вашего предка на свет.