Фамилия Субботовская — типичный пример того, как географическое название или прозвище, связанное с днём недели, превратилось в фамилию дворянского или шляхетского звучания. Её основа — «суббота», но не в прямом бытовом смысле, а через топоним: скорее всего, предок носителя фамилии был выходцем из населённого пункта с названием Субботово, Субботовка или Субботов. Такие сёла и деревни (особенно на западе России, в Беларуси и на Украине) нередко получали имя по церковному празднику или по дню, в который проводился торг.

Суффикс «-ск-» указывает на модель образования, характерную для польской и западнорусской шляхты: «из такого-то места». В отличие от фамилий на «-ов» или «-ин», которые чаще встречались у крестьян и мещан, «-ский» долгое время был маркером принадлежности к служилому сословию или духовенству. Поэтому Субботовская — фамилия не массовая, а редкая, с отчётливым географическим и социальным следом.

Есть и другая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть как прозвище человека, родившегося или крещёного в субботу. В ономастике известны фамилии Понедельников, Середин, Воскресенский — по дням недели. Но в случае Субботовской форма на «-ский» делает топонимическое происхождение более логичным: прозвище «Суббота» дало бы фамилию Субботин или Субботкин, а не Субботовский.

С точки зрения ударения, фамилия сохраняет ударение на втором слоге: Суббо́товская. В исторических документах XIX века такая фамилия могла принадлежать мелкопоместным дворянам Черниговской, Киевской или Могилёвской губерний — именно там чаще всего встречаются сёла с корнем «суббот-». В советское время фамилия утратила сословную окраску, но осталась узнаваемой благодаря редкому сочетанию корня и суффикса.