Фамилия Субботенко — характерный пример украинской модели фамилий на -енко. В украинской ономастике суффикс -енко (а также -ко) исторически выполнял функцию отчества или указания на принадлежность к роду: буквально «чей-то сын», «потомок». Поэтому Субботенко — это «сын Субботы» или «потомок человека по прозвищу Суббота».

Основа фамилии — прозвище Суббота. В славянской традиции так могли назвать ребёнка, родившегося в субботу. Это был распространённый приём: имена по дням недели встречаются в старых актах (Неделя, Пятница, Среда). Однако у прозвища могла быть и другая подоплёка. Субботой нередко называли человека, родившегося или крещённого в субботу, но также — того, кто соблюдал субботу как день отдыха или имел отношение к субботним обычаям (например, к субботним базарам). В некоторых говорах «суббота» могла означать «банный день» или «помывку», но для прозвища эта версия маловероятна.

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто указывали на принадлежность отцу (Иванов — сын Ивана), украинские фамилии на -енко сохраняли значение «маленький», «сын» дольше и активнее. Субботенко — типичный представитель этой модели, массово закрепившейся в Левобережной Украине, Слобожанщине и южных регионах России в XVII–XVIII веках.

Географически фамилия Субботенко наиболее плотно представлена на территории современной Украины, особенно в Черкасской, Полтавской и Киевской областях. В России она встречается в приграничных с Украиной регионах — в Курской, Белгородской, Воронежской областях, а также на Кубани, куда переселялись украинские казаки.

Интересная деталь: в дореволюционных метрических книгах фамилию могли записывать по-разному — Субботенко, Субботенков, а иногда и Суботенко (через «о» в первом слоге, что отражает местное аканье или особенности украинского произношения). Но основа везде одна — прозвище Суббота. Сословного барьера у фамилии не было: её носили и казаки, и крестьяне, и мещане. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках не зафиксировано, что говорит о её простонародном, но не низком происхождении.