Фамилия Субботинский происходит от названия места, где жил её первый носитель. В основе лежит топоним — Субботино или Субботинское. Такие сёла и деревни встречаются в Курганской области, Красноярском крае и Самарской области, так что предки Субботинских могли родиться или подолгу жить в одном из этих мест.

Названия этих поселений, в свою очередь, восходят к мирскому имени Суббота. На Руси так нередко называли ребёнка, появившегося на свет в шестой день недели. Само слово «суббота» пришло в русский язык из древнееврейского, где «шаббат» означает «день покоя». Поэтому имя Суббота несло в себе и религиозный оттенок, и бытовую примету.

Модель образования фамилии типична для польско-украинской и западнорусской традиции: суффикс -ский указывает на связь с географическим объектом. Субботинский — это «тот, кто из Субботина». Такие фамилии часто получали дворяне, а также выходцы из духовенства, но в данном случае не исключено, что фамилию закрепили за крестьянами, переселившимися из одного села в другое и получившими прозвище по прежнему месту жительства.

Интересно, что однокоренные фамилии — Субботин, Суббота, Субботкин — встречаются чаще, чем Субботинский. Это объясняется тем, что суффикс -ский в массовом порядке закрепился в среде служилых людей и духовенства, тогда как простые крестьяне чаще получали фамилии с суффиксами -ов или -ин. Поэтому можно предположить: носитель фамилии Субботинский либо имел отношение к церковной среде, либо его предок был выходцем из тех регионов, где преобладала именно эта модель фамилий — например, с территории современной Украины или Белоруссии.

Точных сведений о знаменитых носителях фамилии в открытых источниках нет, но это не умаляет её исторической ценности. Фамилия редкая, и это делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы носите фамилию Субботинский, стоит начать исследование с переписей населения Курганской, Самарской областей и Красноярского края.