Фамилия Субботкин (и её более распространённый вариант — Субботин) происходит от нецерковного имени или прозвища Субботка. Так на Руси нередко называли ребёнка, родившегося в субботу — шестой день недели. Само слово «суббота» восходит к древнееврейскому «шаббат» (день покоя), которое пришло в русский язык через греческое посредничество. Имя Субботка было хорошо известно в старину: его давали не как официальное крестильное, а как мирское, домашнее, чтобы подчеркнуть обстоятельства появления младенца на свет.

От этого имени и образовалась фамилия. Модель простая и типичная для русских фамилий: к основе Субботк- добавили суффикс принадлежности -ин, который указывал на «сына Субботки» или «человека из семьи Субботки». Суффикс -ин в русской ономастике закрепился за основами, оканчивающимися на -а/-я, поэтому от Субботки закономерно получились Субботкины, а не Субботковы. Кстати, форма Субботкин встречается реже, чем Субботин, но это один и тот же корень: в некоторых говорах и при беглом произношении согласный «т» перед «к» упрощался, что и дало два равноправных написания.

Стоит оговориться: не все Субботкины обязательно ведут род от человека, рождённого в субботу. Иногда прозвище Суббота закреплялось за тем, кто был связан с этим днём иначе — например, в некоторых местностях так могли прозвать работника, которого нанимали только на субботние работы, или человека, который соблюдал особый обет. Но основная и самая правдоподобная версия — именно именование по дню рождения. В дохристианской и раннехристианской традиции восточных славян такие «календарные» имена были очень распространены: рядом с Субботкой встречаются Неделя (то есть воскресенье), Пятница, Среда.

Точное место и время возникновения фамилии Субботкин назвать сложно — фамилии на Руси складывались постепенно, начиная с XVI века, и в разных регионах процесс шёл с разной скоростью. Однако ясно, что фамилия эта — не искусственная и не книжная, она выросла из живого народного именослова. Судя по распространённости однокоренных Субботиных, особенно в центральных и северных областях России, корень у фамилии древний и уходит в ту эпоху, когда имя Субботка было обычным, а не редким.

Сегодня фамилия Субботкин — это памятник не только славянской письменности, но и бытовой культуры: она сохранила для нас отголосок того времени, когда неделя начиналась с воскресенья, а суббота считалась днём, располагающим к тишине и отдыху. В этом смысле носитель фамилии может видеть в ней не просто родовое имя, а напоминание о древнем укладе, где даже имя ребёнка фиксировало день его появления в мире.