Фамилия Субко — одна из тех, где разбор упирается в суффикс, а не в корень. Модель образования здесь южнославянская или западноукраинская: фамилии на -ко (Субко, Стецько, Грицько) характерны для Беларуси, Украины и пограничных с Польшей областей. В русской традиции такой суффикс почти не встречается — у нас чаще было бы Субов или Субин. Значит, перед нами не великорусская фамилия, а скорее выходец из Речи Посполитой или малороссийских земель.

Корень «суб-» — спорный. Первое, что приходит в голову: латинское sub («под») или церковнославянское «суббота». Но это ложный след: в народной среде латынью не пользовались. Правдоподобнее версия от прозвища Субко — уменьшительной формы от имени Суб или Суба. А что такое «Суб»? В украинских и белорусских говорах «суба» — грубое, неотёсанное прозвище, иногда — «суб» как «субчик» (парень, малый). В польском sub — «слуга», «холоп». Впрочем, возможен и вариант от диалектного «субить» — гнуть, давить; тогда Субко — человек сгорбленный или настырный.

Есть и более прозаичное объяснение: фамилия могла возникнуть из Суббота — в православной среде имя Суббота давали детям, родившимся в этот день недели. Усечённая форма Субко — как Собко от Собота (Суббота). Но тут важно: Субко — не Собко. В украинском «субота» и «субко» звучат по-разному, и усечение до «уб» маловероятно. Так что версия с прозвищем выглядит надёжнее.

Географически фамилия редкая. В современных базах она встречается точечно: в Гомельской области Беларуси, на Волыни, изредка в Смоленской и Брянской областях России. Это подтверждает западнорусский ареал. Носители Субко — скорее всего, потомки крестьян или мещан, потому что суффикс -ко в XVI–XVII веках был типичен для простонародья, а не для шляхты (у шляхты — -ский, -ович).

Однокоренных фамилий почти нет. Субов — редчайший вариант, Субин — тоже. Зато есть параллель с фамилией Супрун (от Супрун — «спутник», «товарищ»), но это уже другая история. Субко стоит особняком: короткая, звонкая, с неочевидным смыслом. Если ваш предок носил её, он, вероятно, был человеком из простонародья западных губерний, с прозвищем, которое для нас теперь — загадка.