Фамилия Суханькова — женская форма, а её мужской вариант — Суханьков. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Сухан. Оно образовано от слова «сухой» в значении «худой, тощий, сухопарый» или, реже, «суровый, черствый человек». Так в старину могли прозвать человека с характерной внешностью или нравом. Суффикс -ан- в этом слове — распространенный древнерусский способ образования личных имён (сравните: Молчан, Смеян, Рыжан).

Фамилия построена по типичной притяжательной модели: Суханьков буквально означает «сын или потомок Сухана». Суффикс -к- в основе «Суханьк-» указывает на уменьшительно-ласкательную форму имени Сухан, то есть Суханька. Такие формы были особенно употребительны в быту в северных и центральных областях России, где фамилии на -ов/-ев часто возникали от обиходных вариантов крестильных или прозвищных имён. Таким образом, предок носительницы фамилии был, скорее всего, незнатного происхождения — крестьянин или посадский человек, которого в округе знали как Суханьку.

Стоит отметить, что существует и параллельная версия: в некоторых говорах «сухань» могло означать не человека, а предмет — например, сухую ветку или прут. Однако в антропонимике такое толкование менее вероятно: прозвища от названий растений или предметов обычно давали по сходству (длинный, тонкий), что в итоге всё равно отсылает к тому же значению «сухой». Словарь русских фамилий Б. Унбегауна относит Суханова и однокоренные фамилии к группе, образованной от качественных прилагательных, описывающих внешность.

Однокоренные фамилии — Суханов, Сухарев, Сухин, Сухоносов — распространены шире. Суханьков встречается реже, что делает её более локальной, возможно, привязанной к конкретному региону или даже одному роду. В документах XVII–XVIII веков подобные фамилии фиксировались в основном в среде служилых людей по прибору и черносошных крестьян, но без привязки к дворянству.