Фамилия Сухоногин образована от прозвища Сухоногий. Обычно на Руси так называли человека с недоразвитой ногой. Подобные прозвища, содержащие указание на определенные особенности внешности, физические недостатки (например, Сухорук, Кривошей и т.д.), были широко распространены во всех слоях населения. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Сухоногий, со временем получил фамилию Сухоногин.