Фамилия Султанаков — редкий случай, когда тюркский титул стал основой для русской фамильной модели. Разберёмся по порядку.

В основе лежит слово «султан» — арабского происхождения, означающее «властитель», «правитель». У тюркских народов это был и титул, и мужское имя (например, Султан, Султанбек, Султанмурат). Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе на согласный прибавили суффикс -ов, а затем — редкий патронимический суффикс -ак. Получается цепочка: Султан → Султанак (уменьшительно-ласкательная или обиходная форма имени) → Султанаков («чей?» — сын Султанака).

Такая модель (имя + -ак + -ов) встречается нечасто. Она характерна для фамилий, возникших в среде тюркоязычных народов, принявших православие и русскую антропонимическую систему, — например, у крещёных татар, башкир, ногайцев. Суффикс -ак в тюркских языках часто придаёт слову оттенок уменьшительности или принадлежности, а в русской среде закрепился как часть фамильного суффикса.

Географически фамилия Султанаков тяготеет к регионам с тюркским населением: Башкортостан, Татарстан, Оренбуржье, а также Казахстан. Встречается и у северокавказских народов, но там чаще используют окончания -ов без промежуточного -ак.

Социальный контекст: предок носителя фамилии вряд ли был султаном. Скорее, он носил имя Султан или прозвище Султанак — так могли называть уважаемого, властного человека, либо, наоборот, иронично — того, кто «корчит из себя султана». В крестьянской или служилой среде такие именования были обычным делом.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями: Султанов — самая распространённая, прямая («сын Султана»). Султанаков — более редкая, с той же основой, но через промежуточную форму. Султаншин, Султангареев, Султанмуратов — уже сложные, с двумя основами. Так что Султанаков стоит особняком: титул в основе, но с «двойным» русским суффиксом, что выдает позднее оформление фамилии в смешанной среде.