Фамилия Сушненко образована по одной из самых распространенных в восточной и центральной Украине моделей — с помощью суффикса -енко. Этот суффикс, означавший в XVI–XVIII веках «сын» или «потомок», превращал любое прозвище или имя отца в фамилию. Сушненко — буквально «сын Сушного», то есть человека, которого в округе называли Сушный или Сушня.

Основа «суш-» однозначно связана с глаголом «сушить», «сухой». Но вот кого на самом деле прозвали Сушным — здесь возможны варианты. Самый прямой: прозвище дали тощему, худощавому человеку, «сухому» телом. В говорах «сушь» могла означать и жадного, скупого человека (как «сухарь»), и вялого, неэмоционального. Менее очевидная, но вполне реальная версия — прозвище получил тот, кто занимался сушкой чего-либо: рыбы, фруктов, зерна или, например, кирпича-сырца. В ремесленной среде такие профессиональные прозвища были обычным делом.

Менее вероятно, что в основе лежит имя Сушня или Сушан — сокращённая форма от крестильного имени Сусанна (через народное Сусан), но для мужской фамилии это спорный путь. Скорее всего, корень чисто прозвищный, бытовой.

Географически фамилия Сушненко тяготеет к центральным и левобережным областям Украины — Черкасской, Полтавской, Киевской, а также к южным регионам, куда переселялись казаки и крестьяне в XIX веке. В России встречается реже и, как правило, в областях, граничащих с Украиной, или в местах переселения малороссов (Кубань, Воронежская область).

Родственные фамилии — Сушков, Сушин, Сушковский, Сушенцев — все они от той же основы «суш-». Сушненко отличается именно суффиксом, который сразу указывает на украинское происхождение и на то, что фамилия оформилась не позднее XVII — начала XVIII века, когда модель на -енко стала массовой.