Фамилия Свидиненко происходит от прозвища Свидина, которое легло в основу фамилии. Встречается несколько версий его происхождения. По одной из них, прозвище связано с названием растения — свидины, кустарника или деревца семейства кизиловых с сине-черными плодами. Его древесина шла на токарные и столярные изделия, а плоды использовали для изготовления технического масла. Возможно, предок рода жил рядом с таким растением, и оно дало ему прозвище.

В украинских говорах словом «свидом» или «свидина» называли большую крепкую палку. В этом случае прозвище Свидина мог получить человек вспыльчивый или драчливый, тот, кто часто пускал в ход палку. Есть и третья версия: от выражения «на свиди» — «моложавый». Так могли называть молодого, миловидного парня.

Суффикс -енко указывает на украинское происхождение фамилии и традиционно означает «сын» или «потомок». Свидиненко — буквально «сын Свидины». Такая модель образования фамилий широко распространилась на территории Украины с XVI–XVII веков, когда прозвища начали закрепляться за семьями. Прозвище Свидина, изначально присоединенное к наследственному имени, со временем полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах, дав начало фамилии Свидиненко.

Сегодня фамилия встречается преимущественно в украинской и южнорусской среде. Из-за многозначности основы точное значение прозвища для конкретной семьи можно определить только по локальной традиции: в разных регионах закрепилось то «растительное», то «палочное» значение. Наиболее правдоподобной выглядит версия с растением, поскольку она имеет прямую лексическую параллель в ботанической терминологии, тогда как «палочное» значение носит более узкий диалектный характер.