Фамилия Свищаев — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с профессией, а с манерой речи. В её корне лежит глагол «свистеть» или существительное «свист». Однако суффикс -аев указывает на то, что перед нами не стандартная модель отчества от полного имени (как Иванов от Иван), а образование от прозвища с окончанием -ай. В старину так могли назвать человека за характерную особенность — например, за свистящий голос, привычку насвистывать или за то, что он «свищет» (то есть издаёт резкий, пронзительный звук, возможно, даже в переносном смысле — пустой болтун).

В русских говорах слово «свищ» имело и другие значения. В некоторых регионах так называли пустое место в металле или дереве, трещину, дыру. Прозвище Свищ могли дать человеку с гнусавым голосом (будто со свистом) или даже недобросовестному, «дырявому» в делах. Свищаев, таким образом, — потомок Свищая или Свища. Форма с суффиксом -аев (-ев после гласной) характерна для южнорусских и украинских земель, где прозвищные фамилии на -ай, -яй нередко переоформлялись именно так.

В ономастических источниках эта фамилия встречается нечасто, что объяснимо: прозвище Свищ было распространено, но не настолько, чтобы породить массовую фамилию. Сравните с более известными однокоренными — Свистунов, Свистоплясов, Свищов. Последняя, Свищов, образована по другой модели (суффикс -ов) и чаще встречается в центральных областях. Свищаев же — вариант с явным южным или восточным оттенком, возможно, донским или курским.

Социальный состав носителей, скорее всего, был смешанным: прозвище Свищ не относилось к знатным или церковным именам, поэтому фамилия закреплялась в крестьянской, казачьей и мещанской среде. Никаких документальных подтверждений дворянского происхождения Свищаевых нет — это типичная «прозвищная» фамилия, которая рассказывает о предке не через его занятие, а через живую, подмеченную окружающими черту.