Фамилия Сымоненко — яркий пример восточнославянской модели фамилий на -енко, которая особенно характерна для украинской ономастики. Суффикс -енко в этой традиции означает «маленький», «сын» или «потомок», то есть Сымоненко — буквально «сын Сымона». Основа фамилии — имя Сымон, которое является народной, разговорной формой канонического христианского имени Симон (от древнееврейского Шимон — «услышанный Богом»). Переход «и» в «ы» в корне — типичная черта белорусских и украинских говоров, где после твёрдых согласных «и» звучало как «ы», а в письменности это закреплялось через «ы» (ср. Сыдор вместо Сидор, Сымон вместо Симон).

Географически фамилия Сымоненко в основном бытует на территории Украины, особенно в её центральных и северных областях, а также в приграничных районах Беларуси и России, куда она попала с переселенцами. Встречается она реже, чем более распространённая форма Симоненко, но именно написание через «ы» выдает исконную народную, а не книжную традицию. В официальных документах Российской империи такие фамилии часто «исправляли» на литературный лад — заменяли «ы» на «и», поэтому часть носителей могла утратить первоначальное написание.

Словообразовательная модель проста: к основе имени Сымон добавили патронимический суффикс -енко. Это значит, что первый носитель фамилии был, скорее всего, сыном или внуком человека по имени Сымон. В среде казачества и крестьянства такие фамилии закрепились в XVII–XVIII веках, когда фиксация по отцу стала массовой. Сымоненко — не дворянская, а крестьянская или казацкая фамилия, что подтверждается её «прозрачной» народной основой без книжных искажений.

Любопытно, что у фамилии есть и другой, более редкий вариант происхождения: в некоторых говорах «сымон» могло быть прозвищем, образованным от глагола «сымать» (снимать) в значении «ловкий, тот, кто снимает сливки». Но эта версия слабая, так как не объясняет суффикса -енко, который однозначно указывает на отчество, а не на прозвище. Поэтому основная и единственно надёжная версия — происхождение от имени Сымон.

Таким образом, Сымоненко — фамилия, которая прямо говорит о предке: он был Сымоном, а его потомки стали Сымоненками. Это не редкий, но и не самый частый случай, когда народное произношение сохранилось в письменном виде, минуя церковнославянскую норму.