Фамилия Тарутин происходит от прозвища Тарута, которое, в свою очередь, связано с нарицательным словом «тарута» — так в старину называли прибор для определения веса тары. Проще говоря, это инструмент, позволявший узнать, сколько весит пустая упаковка, чтобы затем вычесть этот вес из общего и получить чистую массу товара. Такое именование относится к разряду «профессиональных» прозвищ: оно прямо указывало на род занятий человека. Вероятно, основатель рода Тарутиных либо сам изготавливал такие весовые приборы, либо был торговцем и хорошо разбирался в тонкостях взвешивания товара — дело для купца жизненно важное.

Исторические источники подтверждают древность этого прозвища. В «Ономастиконе» С. Веселовского упомянуты: Тарутка, крестьянин, 1498 год, Юрьев, и Семен Тарутин, крестьянин, 1564 год, Олонец. Эти записи интересны вдвойне. Во-первых, они показывают, что прозвище бытовало в разных регионах — от Владимирской земли до Прионежья. Во-сторых, обе записи относятся к крестьянскому сословию, что опровергает возможное предположение о сугубо «городском» или «ремесленном» происхождении фамилии. Видимо, навыки работы с весами были нужны не только в лавке, но и в крестьянском хозяйстве, где приходилось взвешивать урожай или продукты для оброка.

Сама фамилия образовалась по стандартной для русских фамилий модели: к основе Тарута добавили притяжательный суффикс -ин, который указывает на принадлежность («чей-то сын», «чей-то потомок»). Таким образом, Тарутин буквально означает «сын Таруты». Суффикс -ин в данном случае закономерен, поскольку основа прозвища оканчивается на гласный звук. Потомок человека с прозвищем Тарута со временем получил фамилию Тарутин, и она закрепилась за его родом.

Стоит различать фамилию Тарутин и фамилию Тарутов. Вторая образована от той же основы, но с помощью суффикса -ов, что говорит о возможном смешении говоров или о более позднем оформлении документа, когда окончание привели к более распространённому типу. Однако именно форма с -ин считается исходной и более древней.