Фамилия Тимофтий — редкий случай, когда в основе лежит полная, а не сокращённая форма крестильного имени. Подавляющее большинство русских фамилий образовано от производных форм (Тимохин, Тимофеев, Тимонин), а здесь — от канонического Тимофей, но с существенной фонетической переделкой.

Ключевой элемент — окончание -ий. В русской ономастике фамилии на -ий обычно указывают на украинское или белорусское происхождение (Тимофтий, Назарий, Лазарий). Это не суффикс принадлежности вроде -ов, а застывшая форма именительного падежа. Носитель фамилии — потомок человека, которого в документах записали полным церковным именем Тимофей, но с местным произношением: на юго-западных землях конечное -ей часто переходило в -ий. Так Тимофей превращался в Тимофтия, а фамилия закрепилась без дополнительных суффиксов.

Вторая версия, менее вероятная, — что это фамилия-прозвище, образованная от диалектного слова «тимофтий». Но ни в одном словаре русских говоров такое слово не зафиксировано, поэтому основная гипотеза остаётся антропонимической.

Географически фамилия тяготеет к западу: её можно встретить в украинских Черновицкой и Львовской областях, а также среди потомков переселенцев из этих регионов в Сибири и на Дальнем Востоке. В центральной России она почти не встречается.

Сословная принадлежность предков не определяется: фамилию на -ий без суффикса мог получить и крестьянин, и мещанин, и священник. В метрических книгах XIX века Тимофтии фигурируют как в списках прихожан, так и среди духовенства, но без единой закономерности.

Фамилия Тимофтий — пример того, как имя, записанное «по-писаному», а не «по-домашнему», стало родовым прозванием, сохранив архаичную форму в неизменном виде.