Фамилия Тимохоы — редкий случай на стыке орфографии и живой народной речи. На письме она выглядит как форма родительного или множественного числа, но на деле это вариант написания фамилии Тимохов. Дело в том, что в русских говорах, особенно северных и сибирских, окончание -ов в фамилиях нередко произносится как -оф, а на письме, при невысокой грамотности в XIX веке, его могли записать на слух — как -ы. Так появились фамилии вроде Тимохоы, где буква «ы» передаёт тот самый редуцированный звук. По сути, это та же самая фамилия, что и Тимохов, но застывшая в нестандартной графической форме.

Основа фамилии — имя Тимоха, просторечная форма канонического имени Тимофей. В старину Тимоха было не уменьшительным, а полным обиходным именем: так звали крестьянина, ремесленника или служилого человека, не претендуя на официальное полное имя. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Тимохоы — буквально «сын Тимохи» или «из семьи Тимохи». Такая модель была самой распространённой в центральной России и на севере, но именно написание через «ы» выдаёт конкретную местную особенность — скорее всего, запись сделана в регионе, где цоканье или аканье не влияло на окончание, а «о» в безударном положении переходило в «ы» на письме.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Тимохин, Тимофеев, Тимошин — показывает, что Тимохоы стоит особняком. Тимохин образован от той же основы, но с суффиксом -ин, а Тимофеев — от полной формы имени. Тимохоы же сохранила редкую орфографическую архаику. В словарях русских фамилий, например у Б. Унбегауна, такие случаи упоминаются как свидетельство народной письменной традиции, когда фамилия фиксировалась «на слух», без приведения к книжной норме.

Географически фамилия Тимохоы встречается крайне редко, в основном в старых переписях Вологодской и Архангельской губерний, а также в Сибири, куда переселенцы принесли свой говор. Предки носителя этой фамилии скорее всего были государственными или помещичьими крестьянами, а само имя Тимоха указывает на то, что родоначальник жил в среде, где церковные имена переиначивали на свой лад. Никакой особой знатности или ремесла за фамилией не стоит — только бытовое имя и ошибка писаря, ставшая фамильной чертой.