Основой фамилии Тимонькова послужило церковное имя Тимон. Мужское крестильное имя Тимон в переводе с древнегреческого означает «почитающий». В основу фамилии легла производная форма имени - Тимонек. Скорее всего, основатель рода Тимоньковых был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Тимонек, со временем получил фамилию Тимонькова.