Основой фамилии Тимонькин послужило церковное имя Тимон. Фамилия Тимонькин образована от имени Тимонька, которое является народной формой крестильного мужского имени Тимон, которое в переводе с древнегреческого языка означает «почитающий». Согласно другой версии, Тимонька — уменьшительная форма греческого имени Тимофей, которое на русский язык переводится как «почитающий Бога». Такое предположение объясняется тем, что фамилии, образованные от полной формы имени, имела в основном социальная верхушка, знать, или семьи, пользовавшиеся в данной местности большим авторитетом, представителей которых соседи уважительно звали полным именем, в отличие от представителей от других сословий, звавшихся, как правило, уменьшительными, производными, обиходными именами.