Мужское крестильное имя Тимофей в переводе с древнегреческого означает «почитающий бога». В основу фамилии легла производная форма имени - Тимошка. Скорее всего, основатель рода Тимошковых был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Тимошка, со временем получил фамилию Тимошкова.