Фамилия Томашеня — яркий пример того, как белорусская и украинская языковая традиция перерабатывает церковное имя. В её основе лежит крестильное имя Фома (от арамейского «теома» — близнец), которое в украинском и белорусском произношении часто звучит как «Томаш» или «Хома». К форме Томаш добавили уменьшительно-ласкательный суффикс -еня, который в восточнославянских фамилиях обычно указывает на потомка по отцу: Томашеня — буквально «маленький Томаш» или «сын Томаша». Такая модель словообразования (основа на -ш + суффикс -еня) типична для западнорусских земель, особенно для Гродненской, Минской и Волынской губерний.

В отличие от более распространённых фамилий на -ов и -ин, которые встречаются по всей России, Томашеня сохранила живую белорусскую форму родительного падежа единственного числа. Если бы фамилия образовалась в великорусской среде, она скорее всего звучала бы как Томашев или Томашин. Суффикс -еня здесь работает не как формальный патронимический показатель, а как указание на младшего члена семьи — то есть предок носителя фамилии был не просто Томашем, а младшим Томашем, возможно, сыном в семье, где отца тоже звали Томашем.

Исторически фамилия Томашеня не принадлежала какому-то одному сословию. Она встречалась и среди крестьян-землепашцев, и среди мещан местечек, и среди шляхты в Речи Посполитой. В метрических книгах XIX века носители фамилии фиксируются преимущественно на территории современной Беларуси (Могилёвская, Витебская области) и в приграничных районах Украины. Вариант написания «Томашеня» с мягким знаком на конце — это адаптация к русской орфографии, в белорусской традиции фамилия могла записываться как Тамашэня.

Споров о происхождении фамилии почти нет: она прозрачно выводится из канонического имени. Единственное, что может сбить с толку — это возможная связь с польским словом «tomasz» как именем или с фамилией Томашевич, но Томашеня стоит особняком именно из-за своего уменьшительного суффикса. Это не вариант более длинной фамилии, а самостоятельная форма, которая подчёркивает, что родоначальник был младшим в семье или имел отца с тем же именем.