Фамилия Трандофилов — редкий случай, когда основа прозвища, скорее всего, связана не с русским, а с греческим языком. В ней отчетливо слышится элемент «фил» (греч. φίλος — «друг, любящий»). Такие «филные» фамилии (Философов, Добронравов) в России были распространены в среде духовенства: семинаристы часто получали фамилии при поступлении, образованные от греческих корней. Первая часть «трандо-» — спорная. Самое правдоподобное объяснение: это искаженное греческое τραντάφυλλο (трандафилло) — «роза». Если так, то исходное прозвище или фамилия семинариста звучала как Трандафилов (от «трандафил» — «розовод, любитель роз»). Со временем «а» могло перейти в «о» под влиянием акающего произношения или при записи в документах.

Менее вероятная, но возможная версия: основа от греческого τραντός (трандос) — «прочный, твердый», что вместе с «фил» дало бы значение «крепкий в дружбе» или «любящий прочность». Однако искажение в «трандо-» из «трандос-» — шаг неочевидный для русского уха. Поэтому версия с «розой» считается основной.

Суффикс -ов — стандартный русский патронимический формант, указывающий на принадлежность («сын Трандофила»). Сама фамилия — искусственная, книжная, характерная для сословия священнослужителей XVIII–XIX веков. В крестьянской или купеческой среде такие сложные греческие конструкции почти не встречались.

География фамилии узкая. Трандофиловы встречаются преимущественно в южных регионах России (Краснодарский край, Ростовская область) и на Украине. Это косвенно подтверждает греческое влияние: в Причерноморье и на Кубани были греческие поселения, а семинарии в южных епархиях могли давать такие фамилии.

Сравните с однокоренными: Трандафилов, Трандафир (от того же «трандафилло»), а также более известные Филатов, Филонов, Филимонов — там корень «фил» уже русский или церковнославянский. Трандофилов же стоит особняком: это не имя, а прозвище-характеристика, облеченное в фамилию. Носитель такой фамилии, скорее всего, был потомком человека, получившего ее в духовном училище за благозвучие или по произволу наставника.