Фамилия Трояненко — яркий представитель украинской фамильной модели на -енко. Этот суффикс, характерный для Поднепровья и Левобережной Украины, в XVII–XVIII веках вытеснил более ранние патронимы на -ович/-евич и стал главным маркером фамилии «родом из Малороссии». Буквально Трояненко означает «сын Трояна» или «потомок Трояна»: суффикс -енко присоединялся к имени или прозвищу отца, закрепляя родовое имя за детьми.

Основа фамилии — имя Троян. Оно неоднозначно, и здесь возможны две версии. Первая: это древнее славянское имя Троян, известное по «Слову о полку Игореве» («на седьмомъ вѣцѣ Трояни») и по народным преданиям. В дохристианской Руси имя могло быть связано с языческим божеством или с числом «три» (троица, тройственность). Вторая версия — происхождение от крестильного имени Трофим (через просторечную форму Троян). В этом случае фамилия Трояненко — один из вариантов фамилии Трофименко, но с усечением основы. Правдоподобнее первая версия: имя Троян фиксируется в исторических актах как самостоятельное, без связи с Трофимом. Например, в реестрах Войска Запорожского встречаются казаки с именем Троян, что указывает на его бытование в среде украинского казачества.

Географически фамилия Трояненко тяготеет к центральным и южным областям Украины — Полтавщине, Черкасщине, Киевщине, а также к югу России, куда переселялись украинские крестьяне в XVIII–XIX веках. В России фамилия встречается реже и часто воспринимается как «южная» или «хохлацкая» — так в народе называли выходцев из Малороссии. Интересно, что в русских говорах слово «троян» могло означать «тройня» или «тройное количество», но для фамилии эта связь маловероятна: прозвища по числу детей давались редко, а имя Троян в восточнославянской традиции старше.

Сословно Трояненко — типичная фамилия казацкой старшины, мещан и крестьян. В ревизских сказках и метрических книгах XIX века носители фамилии чаще всего числятся казаками или государственными крестьянами. Дворянских ветвей с такой фамилией не зафиксировано — суффикс -енко оставался «демократичным» и не перешёл в гербовники Российской империи, где преобладали фамилии на -ов/-ев и -ский.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, как варьировалась основа: Троян, Троянов, Трояновский, Троянец. Трояненко — самая «украинская» по форме, тогда как Троянов — типично русский патроним на -ов, а Трояновский — шляхетский вариант с польским суффиксом -ский. Таким образом, фамилия Трояненко — не просто «сын Трояна», а маркер определённой историко-культурной среды: украинского казачества и крестьянства, сохранившего древнее славянское имя.