Фамилия Троянкер — редкий случай в русском ономастиконе. Её структура сразу выбивается из ряда типичных русских фамилий на -ов, -ев или -ин. Основа «Троян» здесь сочетается с суффиксом -кер, который совершенно нехарактерен для восточнославянского словообразования. Это почти наверняка указывает на то, что фамилия не исконно русская, а пришла из иноязычной среды и была адаптирована на русской почве.

Наиболее вероятное объяснение — немецкое или еврейское (ашкеназское) происхождение. В немецком языке суффикс -er часто обозначает профессию или принадлежность к месту (например, Berliner — «берлинец», Müller — «мельник»). Основа «Trojan» могла быть либо топонимом (название города или местечка, например, Троян в Болгарии или Троянов на Волыни), либо личным именем. В таком случае Троянкер — это «выходец из Трояна» или «человек, связанный с Трояном». В еврейской среде фамилии с окончанием -кер часто образовывались от названий населённых пунктов в Восточной Европе, входивших в черту оседлости.

Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая, — искусственное происхождение фамилии. В конце XIX — начале XX века еврейским семьям нередко давали фамилии по произвольному признаку, иногда от красивых или книжных слов. «Троян» мог ассоциироваться с древней Троей, а -кер добавили для благозвучия. Однако фамилия Троянкер не похожа на типичные «декоративные» еврейские фамилии (вроде Розенберг или Гольдштейн), поэтому версия с географическим прозвищем выглядит убедительнее.

С точки зрения русского языка, у фамилии нет славянской этимологии. Попытки вывести её от слова «троянка» (тройная вещь) или от имени Троян (языческое славянское божество) лингвистически несостоятельны: суффикс -кер не встраивается в такую модель. Если бы фамилия была славянской, она выглядела бы как Троянов, Троянин или Троянский.

Таким образом, предки носителя фамилии Троянкер, скорее всего, жили в небольшом городке или местечке с названием, производным от «Троян», и переселились в Российскую империю в период, когда фамилии фиксировались по месту выхода. Фамилия сохранила свою необычную форму именно благодаря тому, что не прошла через стандартные русские суффиксы.