Фамилия Трухтанова — женская форма фамилии Трухтанов, и её происхождение ведёт к прозвищу или мирскому имени Трухтан. В основе почти наверняка лежит диалектное слово «трухта» или «трухтан» — так в некоторых русских говорах называли трусливого, нерешительного человека, а иногда и просто хилого, тщедушного. Связь с «труха» (нечто рассыпчатое, ветхое) здесь просматривается прямая: корень тот же, что в глаголе «трухнуть» — «ветшать», «рассыпаться», а в переносном смысле — «робеть», «теряться».

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов-/-ев- указывает на принадлежность («сын Трухтана»). Менее вероятна, но возможна версия от слова «трухта» в значении «мелкая рыба» или «рыбёшка» — в таком случае прозвище мог получить невысокий или худощавый человек. Оба варианта укладываются в традицию давать фамилии по внешним или поведенческим чертам.

Фамилия не слишком распространена, но встречается в центральных и южных областях России, особенно в Рязанской, Тамбовской и Воронежской губерниях, где диалектная лексика сохранялась дольше. В дореволюционных переписях Трухтановы чаще числились крестьянами и однодворцами — то есть потомками служилых людей, живших на южных рубежах.

Интересно, что в отличие от более частых фамилий на -ов (Трухин, Труханов), форма Трухтанов сохранила редкий суффикс -ан, который в русской антропонимии встречается нечасто и обычно указывает на прозвище, а не на крестильное имя. Это делает фамилию более «прозрачной» для этимолога, чем кажется на первый взгляд.