Фамилия Трунеко звучит не по-русски, хотя её носители живут в основном на юге России и Украине. В ней нет типичных для русских фамилий суффиксов -ов, -ин или -ский. Окончание -ко — верный признак украинского происхождения. В украинском языке суффикс -енко (в упрощённом виде -енко, а в разговорной речи часто редуцируется до -енко или -енко) образует фамилии, указывающие на потомка: Иващенко — сын Ивана, Труненко — сын Труна. Но здесь мы видим форму Трунеко, а не Труненко. Это может быть результатом диалектного произношения или орфографической ошибки при записи фамилии в документах. В устной речи окончание -енко часто «съедалось», особенно в южнорусских говорах, и на письме закреплялось как -еко.

Основа фамилии — прозвище Трун. Его происхождение спорно, но есть две рабочие версии. Первая: от южнорусского диалектного слова «трун» — «трутень», то есть ленивый, бездельный человек. Вторая, более правдоподобная: от глагола «трунить» — насмехаться, подшучивать. В таком случае Трун — насмешник, балагур. В украинском языке есть слово «трун» (или «трунок») — напиток, хмельное, но эта версия менее вероятна, так как прозвища по пьянству обычно образовывались от слов «питун» или «бражник».

Географически фамилия Трунеко привязана к историческим территориям Слобожанщины и Кубани. В реестрах казачьих войск встречаются фамилии Трун, Труненко, Трунеко — скорее всего, это варианты одной и той же фамилии, записанные разными писарями. Если ваш предок был Трунеко, он мог быть потомком запорожского или черноморского казака, получившего прозвище за острый язык или за привычку трунить над товарищами. Сословно фамилия почти наверняка крестьянская или казачья, дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.