Фамилия Цакова — женская форма мужской фамилии Цаков, и её происхождение напрямую связано с болгарским или македонским ономастическим пластом. В русском контексте такие фамилии на -ов/-ев, как правило, указывают на принадлежность к роду, но в данном случае суффикс -ов присоединён к основе, нехарактерной для исконно русских прозвищ. Это сразу выдаёт южнославянский след: фамилия Цаков и её женский вариант Цакова встречаются преимущественно в Болгарии, Сербии и Северной Македонии, а в России — у потомков переселенцев из этих регионов.

Основа фамилии — личное имя или прозвище Цако. В болгарском языке это уменьшительно-ласкательная форма от имён, начинающихся на Цв- (например, Цветан, Цветко) или на Ц- (Цанко, Цано). По той же модели образованы фамилии Цанев, Цанков. Суффикс -о в болгарских именах — аналог русского -а/-я в кратких формах (Ваня, Петя), так что Цако — это «маленький Цан» или «Цветко».

Есть и другая версия, менее вероятная, но не лишённая логики: в некоторых говорах болгарского и македонского «цак» означало «козёл» (от турецкого çakal — шакал, но с местным смещением значения). В таком случае прозвище Цако мог получить человек с упрямым или бойким нравом, либо пастух, державший коз. Однако антропонимические словари (например, работы болгарского ономаста Стефана Илчева) чаще связывают Цако именно с личными именами, а не с апеллятивами.

В русской среде фамилия Цакова — редкая. Если её носительница живёт в России, скорее всего, её предки — болгарские или македонские переселенцы конца XIX — начала XX века, либо люди, получившие фамилию при паспортизации на южных территориях Российской империи (Бессарабия, Новороссия). Вариант написания через «ц» твёрдый, без смягчения, — это ещё один маркер южнославянского происхождения: в русском языке такое сочетание «ца» встречается реже, чем в болгарском.