Фамилия Церковные (а также её более распространённая форма — Церковный) образована от прозвища, которое указывало на место жительства человека. В старину, когда фамилий ещё не существовало, человека могли назвать по характерному признаку: живший у болота получал прозвище Болотный, а поселившийся рядом с храмом — Церковный. Такой способ именования был широко распространён на Руси, и со временем прозвище закрепилось за потомками, превратившись в фамилию.

Сама основа прозвища — слово «церковь» — в православии и католицизме означает храм. Устройство храма традиционно включало алтарную часть (в православии её ориентировали на восток) и помещение для молящихся, к которому примыкали приделы, капеллы, крипты и трапезные. Главный храм города или монастыря называли собором. В протестантских церквях алтарей, как правило, нет, за исключением лютеранства и англиканства. В православной архитектуре число куполов имело символическое значение: один — в честь единого Бога, три — Святой Троицы, пять — Спасителя и четырёх евангелистов, семь — семи таинств, тринадцать — Спасителя и двенадцати апостолов.

Интересно, что форма «Церковные» с окончанием «-ые» характерна для северорусских и сибирских фамилий, которые часто фиксировались во множественном числе. Такие фамилии отвечали на вопрос «чьи?» и обозначали принадлежность целой семье или роду. В этом смысле фамилия Церковные — редкий пример, сохранивший архаичную модель, тогда как вариант Церковный, образованный по более привычной модели притяжательных прилагательных, встречается чаще.

Точное время и место возникновения фамилии назвать сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, а прозвища, лёгшие в их основу, могли появиться задолго до официального закрепления. Тем не менее фамилия Церковные — живой памятник славянской культуры, сохранивший память о том, что предки её носителей жили в непосредственной близости от храма, а возможно, и служили при нём.