Фамилия Цинкотина — редкий случай, когда за основу взято не имя, не профессия и не географическое название, а вполне конкретное прозвище, связанное с химическим элементом. Перед нами яркий пример «кабинетной» или «семинарской» фамилии, которая возникла в среде, далёкой от крестьянского быта.

Корень здесь очевиден — «цинк». Суффикс «-ин» указывает на принадлежность (чьих будете? — Цинкотиных), а основа — «цинкот(а)». В русских говорах и профессиональной речи «цинкотой» или «цинковкой» могли называть цинковые белила, цинковую пыль или вообще всё, что содержит цинк. Но прозвище Цинкота вряд ли дали маляру или аптекарю. Скорее всего, его получил семинарист — ученик духовного училища, которому преподаватель, отличавшийся остроумием, присвоил такую фамилию за бледный цвет лица, серый цвет глаз или за склонность к точным наукам (химии).

Модель образования типична для искусственных фамилий духовенства: брали латинский или греческий корень, а то и просто русское слово с «научным» оттенком, и приклеивали суффикс. Цинкотина — не исключение. Она стоит в одном ряду с фамилиями Меднотина, Серебрина, Железнов. Однако, в отличие от них, «цинк» — металл более позднего промышленного освоения, что указывает на время возникновения: не раньше середины XIX века, когда химия вошла в программу семинарий.

Географически фамилия тяготеет к южным и центральным губерниям России, где было много духовных училищ. Встречается она и сегодня, но крайне редко. Носители фамилии Цинкотина, скорее всего, потомки тех самых семинаристов, которые, получив звучную фамилию, расходились по сёлам священниками, учителями или врачами. Никакого тюркского или финно-угорского следа здесь нет — это чисто русская, книжная фамилия, рождённая в учебном классе.