Фамилия Ционина — женская форма, а её мужской вариант — Ционин. В русской традиции фамилии на -ин обычно образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я, но здесь случай нестандартный: корень «Цион-» не подчиняется этому правилу. Значит, либо исходная форма мужской фамилии — Ционин, что возможно при отталкивании от прозвища или имени, либо мы имеем дело с фамилией, возникшей в среде, где русские суффиксы наложились на иноязычную основу.

Самая прямая версия: фамилия связана с библейским топонимом Сион (гора в Иерусалиме, символ еврейского народа). В русском языке слово «Сион» через церковнославянское посредничество иногда передавалось как «Цион» — отсюда фамилии Цион, Ционин, Ционина. Такое написание с «Ц» вместо «С» встречается в старых документах и говорах, особенно у старообрядцев или в среде, где библейские имена осмыслялись через народную этимологию. Предок мог получить прозвище Цион за религиозное рвение, за чтение псалмов, за связь с синагогой или церковью — или просто как напоминание о палестинских корнях.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная: фамилия образована от личного имени Цион (редкое, встречалось у евреев как вариант имени Сион) или от уменьшительной формы Ционя. Суффикс -ин тогда указывает на принадлежность: «чей?» — Ционин, то есть сын или потомок Циона. Такая модель типична для русских фамилий, но имя Цион не было распространённым, поэтому случаи единичны.

Третья версия, почти гипотетическая: если отбросить библейский контекст, можно поискать корень в диалектных словах. В некоторых говорах «цион» или «цион» — искажённое «сион» (силок, петля для ловли птиц), но это натяжка: документальных подтверждений нет. Ономасты (например, Б. Унбегаун в «Русских фамилиях») подобные фамилии не рассматривают, так как они редки и локальны.

Географически фамилия Ционина встречается в основном в западных регионах России и в Беларуси, что косвенно указывает на еврейское или смешанное происхождение: там библейские имена в фамилиях фиксировались чаще. Сословно носители могли быть мещанами или крестьянами — дворянских родов с такой фамилией не известно.

Итог: скорее всего, фамилия восходит к библейскому Сиону через народное произношение, а её обладатели — потомки людей, чьё прозвище или имя было связано с религиозной символикой.