Фамилия Ципун — редкая и звучит не по-русски. Если не брать во внимание случайные совпадения, её происхождение, скорее всего, связано не с русским, а с украинским или белорусским языком, а точнее — с говорами Западной Украины и юга Беларуси.

В основе фамилии лежит слово «ципун». В украинских диалектах «ципати» означает «щипать», а «ципун» — это либо тот, кто щиплет (например, птицу), либо, что вероятнее, прозвище придирчивого, мелочного человека, который «щиплет» других придирками. Есть и более конкретное значение: в некоторых говорах «ципун» — это инструмент для ощипывания птицы или даже название птицы (например, птенца, который щиплют). Таким образом, прозвище Ципун мог получить либо человек с неуживчивым характером, либо тот, кто занимался ощипыванием домашней птицы как ремеслом.

Модель образования фамилии проста и типична для восточнославянских земель: прозвище Ципун превратилось в фамилию без добавления суффикса, то есть по так называемому «украинскому» типу. В русской традиции такая фамилия могла бы звучать как Ципунов, но форма Ципун сохранила свою первоначальную, более архаичную структуру. Это указывает на то, что предок носителя фамилии был, скорее всего, не из великорусских губерний, а с территории современной Украины или Беларуси.

Встречается фамилия крайне редко. Основные очаги расселения — западные области Украины (Волынь, Подолье) и прилегающие районы Беларуси. В России она единична и часто является результатом миграции в XX веке. Важно не путать её с фамилией Цыпун, которая может иметь другое происхождение (от слова «цыпа» — курица), хотя оба корня звучат похоже и связаны с птицей. В случае с Ципун ударение почти всегда падает на второй слог — Ципу́н.