Фамилия Цисарский образована от польского слова «cisarz» — «цесарь», то есть император. В польском языке «c» перед «i» читается как мягкое «ч», поэтому исходное звучание — «чисарж». На русской почве это перешло в Цисарский. Речь не о российском императоре: «цесарями» в Речи Посполитой называли прежде всего австрийских императоров из дома Габсбургов. Так что прозвище Цисарь мог получить человек, служивший при австрийском дворе, воевавший на стороне империи или просто чем-то напоминавший «цесаря» — статью, манерой держаться.

Суффикс -ский указывает на шляхетское или дворянское происхождение фамилии. В Польше и на западе современной Украины и Беларуси фамилии на -ский носили в основном землевладельцы, даже если владение было крошечным. Цисарский — типичная польская фамилия, которая затем вошла в русский обиход через территорию бывшей Речи Посполитой. По-польски она пишется Ciesarski или Ciszarski, и второй вариант ближе к русской передаче.

Встречается также редкая версия, что корень может быть связан с «цисарь» в значении «резчик по дереву» (от «цис» — тис, твёрдая древесина), но это локальное диалектное значение, не подтверждённое основными ономастическими источниками. Основная и наиболее вероятная версия — от «цесарь» с переходом в «цисарь» под влиянием южнославянских говоров, где «и» звучит на месте «е».

Носители фамилии Цисарский встречаются в основном в западных областях России, в Беларуси и на Украине, реже — в центральной России. В дореволюционных документах фамилия фиксируется среди мещан и однодворцев, что говорит о её «обедневшем» дворянском происхождении: предки могли быть мелкими шляхтичами, потерявшими привилегии.