Фамилия Цыпаркин — одна из тех, где географическая привязка оказывается важнее прозрачного корня. Её основа — топоним Цыпарка или Цыпарки. Такие названия встречаются в Молдове и на западе Украины, в исторической Бессарабии. Вероятнее всего, предок носителя фамилии был выходцем из села с таким именем или владел хутором Цыпарка. Суффикс -ин указывает на модель «чей?»: Цыпаркин буквально означал «сын человека из Цыпарки» или «житель Цыпарки».

Сам топоним Цыпарка, скорее всего, восходит к молдавскому или румынскому слову țipar — «вьюн» (рыба). Вьюн — рыба, обитающая в илистых речках и озёрах, так что название могло относиться к месту, где водилась эта рыба, или к небольшому водоёму, где её ловили. В пользу этого говорит и то, что в румынской ономастике фамилия Цыпар (Țipar) встречается, а Цыпаркин — её русская адаптация с патронимическим суффиксом.

Есть и более прозаичная версия: Цыпаркин мог быть образован от прозвища Цыпарка, которое дали человеку, напоминавшему вьюна — например, юркому, верткому или скользкому в общении. Но в русской традиции прозвища от рыб редко становились основой для фамилий с таким суффиксом, чаще они оформлялись как Цыпарёв (от Цыпарь). Поэтому топонимическая версия выглядит убедительнее.

Суффикс -ин в фамилии Цыпаркин — не показатель сословной принадлежности. В XIX веке так оформляли фамилии и крестьяне, и мещане, и дворяне в юго-западных губерниях, где шёл процесс русификации местных имён. Фамилия остаётся редкой, её носители встречаются в основном в Одесской области, Молдове и среди потомков переселенцев в Сибири. Поиск по архивам может вывести на конкретные села — например, Цыпарка в нынешней Винницкой области Украины, хотя точное местонахождение требует уточнения по метрическим книгам.