Фамилия Цыпурин — одна из тех, где прозвище-основа спорит с диалектным словом, а суффикс указывает на географию. Разберёмся по порядку.

Самая вероятная версия: фамилия образована от прозвища Цыпура. В русских говорах «цыпура» или «цыпурка» — это либо мелкая рыбёшка (вроде уклейки), либо, в переносном смысле, невысокий, щуплый человек. Суффикс -ин в фамилии Цыпурин — притяжательный, типичный для северных и центральных областей России (сравните: Цыпура → сын Цыпурин). Такая модель особенно распространена в бывших новгородских землях, Вологодчине, Архангельской области. То есть прямой предок носителя фамилии, скорее всего, был крестьянином или ремесленником из этих краёв, которого в округе звали Цыпурой — за внешность или род занятий (рыболовство).

Реже встречается версия от слова «цыпа» (курица, цыплёнок) с диалектным суффиксом -ур(а). В таком случае Цыпура — ласкательное или ироничное прозвище человека с кудахчущим голосом, суетливого или, наоборот, боязливого. Но это менее надёжно: суффикс -ур- в русской антропонимии редок и чаще встречается в белорусских и украинских фамилиях (Цыбуля, Цыпур), а для русского Севера более характерен суффикс -ин.

Важно: фамилия Цыпурин — не от слова «цыплёнок» напрямую (тогда бы ждали Цыплёнков или Цыплятин). И не от имени Цыпа (которое могло быть домашней формой от Степан или Цезарь) — для этого в основе должно быть Цыпин, а не Цыпурин. Таким образом, перед нами типичная «рыбья» или «птичья» фамилия, но с узким региональным корнем.

Встречаемость фамилии невысокая, что подтверждает её локальное происхождение. Среди носителей нет широко известных исторических фигур — это фамилия простого люда, закрепившаяся в деревнях и сёлах Русского Севера.