Фамилия Тухфатова образована от мужского имени Тухфат (татарская форма арабского Тухфатулла — «дар Аллаха»). В основе — арабское слово «тухфа» (подарок, дар) в сочетании с «Аллах». Такие имена были распространены в мусульманской среде Поволжья, особенно у татар и башкир, и несли пожелание, чтобы ребёнок стал благословенным даром для семьи. Фамилия закрепилась по отцу: Тухфат — Тухфатов — Тухфатова.

Суффикс -ов/-ев указывает на русскую модель оформления фамилий, которая в XIX–XX веках вытеснила традиционные татарские патронимы (например, «Тухфатов сын»). Встречаются варианты написания с мягким знаком (Тухфатьев) или через букву «и» (Тухфатиев), но форма Тухфатова — самая распространённая. Географически фамилия сосредоточена в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях, где исторически жили татары-мишари и казанские татары.

В отличие от многих русских фамилий, образованных от прозвищ, Тухфатова — чистый патроним, без дополнительного переносного смысла. Она не связана с ремеслом, внешностью или характером предка. Единственное, что можно сказать о первом носителе: он был человеком религиозным или происходил из семьи, где имя дали в честь религиозной ценности. Фамилия не имеет отношения к тюркскому слову «тухфат» в значении «гость» (это ложная этимология, встречающаяся в любительских толкованиях).

С точки зрения социального состава, фамилия встречается как у крестьян, так и у представителей духовенства. Среди татарских мулл и учителей медресе имена с корнем «тухфа» были нередки, поэтому носитель фамилии мог быть потомком сельского имама или грамотного крестьянина, знавшего арабскую письменность.