Фамилия Тунгушев — один из тех редких случаев, когда основа фамилии почти наверняка отсылает к этническому прозвищу. В основе лежит слово «тунгус» — так в России вплоть до начала XX века называли эвенков и отчасти эвенов. Прозвище Тунгус могли дать человеку, который внешне или по образу жизни напоминал коренных жителей Сибири и Дальнего Востока, либо тому, кто долго жил среди тунгусов, перенял их обычаи или торговал с ними. В XVI–XVII веках, когда русские осваивали Сибирь, такие прозвища были нередки: «тунгусами» в народе называли не только эвенков, но и вообще людей с характерным разрезом глаз, скуластым лицом или просто одетых «по-сибирски». Позже прозвище закрепилось как нецерковное имя.

Суффикс -ев указывает на патронимическую модель: Тунгушев — «сын Тунгуша». Форма Тунгуш — это адаптированное русским языком прозвище, где конечное «-ус» перешло в уменьшительно-ласкательное «-уш». Это типичный для русской ономастики приём: грубоватое или необычное прозвище «смягчали» суффиксом, делая его более привычным для слуха. Сравните: Пермяк — Пермяков, Калмык — Калмыков, Черемис — Черемисов. Здесь тот же ряд, но с дополнительным суффиксом -уш-.

Географически фамилия Тунгушев тяготеет к регионам, где проходили старые сибирские тракты и где издавна существовали контакты с эвенками: это Забайкалье, Приангарье, Якутия. Встречается она и на Урале, куда в XVII–XVIII веках переселялись служилые люди и крестьяне из Сибири. Сословно носители фамилии чаще всего были государственными крестьянами или казаками — людьми, для которых контакт с коренными народами был обычным делом.

Встречается и более спорная версия, связывающая фамилию с тюркским корнем «тунг» (ночь, темнота), но она слаба: в тюркских языках нет антропонима Тунгуш, а русская фамилия Тунгушев органично вписывается именно в круг «этнических» прозвищ. Поэтому основная версия — самая надёжная: предок носителя фамилии получил прозвище Тунгуш за внешнее сходство, род занятий или долгое проживание среди тунгусов.