Фамилия Туниеков — редкая и морфологически прозрачная, но её основа ставит перед исследователем несколько загадок. В ней чётко выделяется тюркский корень, суффикс -ек- и русский патронимический суффикс -ов. Модель образования типична для фамилий, возникших у тюркоязычных народов, попавших в сферу русского влияния: к прозвищу или имени на -ек (Тунек, Тюнек) добавили фамильный суффикс, закрепив за родом.

Самая вероятная версия отсылает к тюркскому слову «тюн» (ночь, тёмный, чёрный) или «тун» (шуба, одежда). В таком случае прозвище Тунек могло означать «ночной» (например, ребёнок, родившийся ночью, или человек с тёмными волосами) либо «одетый в шубу», «кутающийся». Суффикс -ек в тюркских языках часто придаёт уменьшительно-ласкательный или указательный оттенок, так что Тунек — это скорее «ноченька» или «тёмненький», а не прямое описание.

Менее распространённая, но допустимая гипотеза связывает основу с тюркским глаголом «тюн» (понимать, вникать) или «тунык» (спокойный, тихий). В этом случае прозвище Тунек могло характеризовать человека как понятливого, смышлёного или, наоборот, молчаливого. Проверить это сложно: в словарях тюркских наречий слово «тунек» в значении «понятливый» не фиксируется как распространённое, в отличие от «тюн» (ночь).

Географически фамилия тяготеет к регионам с исторически сильным тюркским влиянием — Поволжье, Урал, Западная Сибирь, а также к местам расселения татар, башкир, казахов. Встречается она редко, что говорит о локальном происхождении: вероятно, от одного прозвища, закрепившегося в конкретном селе или роду. Вариант написания «Туниеков» (через «и») может быть результатом иканья — произносительной нормы, где безударная «е» звучит как «и», что и отразилось в документах.

Однокоренные фамилии — Тунеков, Тюнеков, Тунеев, Тюнин — подтверждают, что основа жила в прозвищной среде. Фамилия Туниеков не принадлежала дворянству, не попала в родословные книги, но это не делает её менее ценной для истории: она хранит след народной речи и тюркского влияния на русскую антропонимию.