Фамилия Туний — редкий случай, когда суффикс -ий указывает не на украинское или польское происхождение, а на старую русскую модель притяжательных прилагательных, которые застыли в форме фамилий. В древнерусском языке такие фамилии отвечали на вопрос «чей?»: Туний — значит «Тунев» или «Тунин», то есть принадлежащий человеку по прозвищу Тун, Тунь или Туня. Со временем окончание -ий закрепилось в документах и не перешло в более привычные -ов или -ин.

Основа фамилии ведёт к двум разным корням. Первый и самый вероятный — древнерусское слово «тун» (или «тивун»), означавшее княжеского или боярского управляющего, судью, сборщика податей. В народной речи «тун» звучало и как «туний» — отсюда прозвище человека, который служил в хозяйском управлении или отличался властным характером. Второй вариант — диалектное «тун» в значении «тупой, бестолковый» (в некоторых северных говорах), но эта версия менее убедительна, так как фамилия встречается в центральных и южных регионах, где «тун» безоговорочно понимали как должность.

Фамилия Туний зафиксирована в основном в южнорусских областях — на бывших землях Рязанского и Тамбовского княжеств. Там в XV–XVII веках было много служилых людей и крестьян, чьи прозвища образовывали фамилии с суффиксом -ий. В отличие от массовых фамилий на -ов, Туний сохранил архаичную форму, что делает его своеобразным маркером старой административной лексики. Носители фамилии могли быть потомками не самого туна, а его работников или крестьян, которых называли по хозяину — «туниевы люди».

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает уточнить картину. Фамилии Тунов, Тунин, Туников встречаются чаще и понятнее по модели. Туний стоит особняком: он не получил распространения за пределами узкого ареала, что говорит о локальном происхождении. В современных справочниках по ономастике фамилия не описана подробно, но её разбор через слово «тун» даёт наиболее логичное и исторически обоснованное объяснение.