Фамилия Туйкин входит в группу русских фамилий на -ин, образованных от прозвищ или имен, оканчивающихся на -а/-я. В данном случае основа — Туйка. Это уменьшительная или прозвищная форма, которая могла возникнуть от крестильного имени, тюркского слова или местного диалектного названия. В отличие от фамилий на -ов, которые часто образовывались от имен на твердый согласный, модель с -ин типична для южнорусских и восточных регионов, где активно смешивались славянские и тюркские антропонимы.

Самая вероятная версия — происхождение от тюркского имени Туй (Той). В тюркских языках «туй» означает «праздник», «свадьба», «пир». Такое имя могли дать ребенку, родившемуся в день большого торжества, или как пожелание счастливой, богатой жизни. Форма Туйка — это русифицированный вариант с добавлением уменьшительного суффикса -ка, который в русской среде адаптировал иноязычное имя. Фамилии Туйкин, Туйков, Туев встречаются в Поволжье, особенно среди татар, чувашей и башкир, что подтверждает тюркский след.

Менее распространенная версия связывает Туйку с диалектным глаголом «туйкать» — стучать, колотить, или с существительным «туй» в значении «глухой звук». В этом случае прозвище Туйка мог получить человек с тяжелой походкой или шумный, громкий. Однако эта гипотеза слабее, так как слово «туйкать» локально и почти не встречается в письменных источниках, а тюркское имя Туй документально зафиксировано в переписных книгах XVI–XVII веков.

Географически фамилия Туйкин наиболее плотно представлена в Чувашии, Татарстане, а также в Ульяновской и Самарской областях. Это указывает на то, что предки носителей фамилии с высокой вероятностью были крещеными татарами или чувашами, которые в XVIII–XIX веках переходили в православие и получали русские фамилии, образованные от их старых имен. Сословно это могли быть государственные или ясачные крестьяне, реже — служилые люди. Дворянских родов с фамилией Туйкин в Российской империи не зафиксировано.

Встречается и вариант с ударением на первый слог — Ту́йкин, что характерно для волжских говоров, где ударение в фамилиях на -ин часто смещается на основу. В официальных документах фамилия писалась устойчиво, без вариантов, что говорит о ее относительно позднем оформлении (не ранее XVII века), когда русская фамильная система уже стабилизировалась.