Фамилия Тюнькова — женская форма фамилии Тюньков, и чтобы понять её происхождение, нужно разобраться с мужским вариантом. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Тюнька. Скорее всего, оно образовано от глагола «тюнькать» — в некоторых русских говорах это слово означало «говорить невнятно, мямлить» или «издавать глухой звук». Таким образом, Тюнькой могли прозвать неразборчивого в речи человека или того, кто работал с чем-то, издающим глухой стук (например, бондаря, оббивающего обручи на бочках).

Суффикс -ов в основе Тюньков указывает на стандартную русскую патронимическую модель: Тюньков буквально значит «сын Тюньки». Притяжательный суффикс -ов здесь самый распространённый в центральной и северной России. Фамилия Тюньков — относительно редкая, её концентрация заметна в Вологодской и Кировской областях, что косвенно подтверждает севернорусские говоры, где слово «тюнькать» фиксируется чаще.

Есть и альтернативная версия, менее вероятная: от имени Тюня — сокращённой формы крестильного имени Артемий (в народе Артюня). Но в этом случае ожидалась бы фамилия Тюнин, а не Тюньков. Форма с суффиксом -к- (Тюнька) характерна именно для прозвищ, а не для уменьшительных имён, поэтому версия с глаголом выглядит убедительнее.

Сословно фамилия Тюньковых не была дворянской. В документах XVIII–XIX веков Тюньковы встречаются среди государственных крестьян и однодворцев южных губерний, куда их предки могли переселиться с севера. В написании фамилии возможна вариация через «о» — Тенькова, но это уже другой корень (от «тень»). Тюнькова — форма, которая сохранила исходный глухой звук прозвища.