Фамилия Ухоботов происходит от прозвища Ухобот, которое, вероятнее всего, связано со словом «ухобот». В словаре Владимира Даля это слово означает «мякина, сорные и легкие зерна», то есть отходы, остающиеся после веяния зерна. Так могли прозвать человека, который занимался обработкой и очисткой зерна — веял его, отделяя зерно от шелухи и сора. Прозвище закреплялось за человеком как его обиходное именование, а уже его потомки со временем получили фамилию Ухоботов, то есть «сын Ухобота».

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для русских фамилий: к основе прозвища добавляется патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность к отцу. То есть Ухоботов — это буквально «чей-то сын» или «чей-то потомок». Такая модель массово распространилась в XVI–XVII веках, когда у крестьян и посадских людей формировались наследственные фамилии.

Любопытно, что корень «ухобот» не получил широкого распространения в других фамилиях. Это делает Ухоботовых довольно редким родом, а само прозвище — узко профессиональным. Если сравнить с однокоренными образованиями, то в ономастике встречаются фамилии от названий сельскохозяйственных орудий или процессов (например, Веялкин, Цепов), но «ухобот» — скорее исключение, поскольку слово это диалектное и в письменных источниках встречается нечасто.

Возможна и другая, менее правдоподобная версия: связь с глаголом «ухоботить» в значении «убрать, вычистить». Но она не находит подтверждения в словарях, поэтому основная гипотеза — именно мякина и сор, отделяемые при веянии. Прозвище Ухобот не несло отрицательного смысла: в крестьянской среде называли по занятию или характерной примете, и такое имя не было обидным, а скорее указывало на трудолюбивого работника, знающего своё дело.

Фамилия Ухоботов встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, где зерновое хозяйство было основой жизни. Это косвенно подтверждает её «сельскохозяйственное» происхождение. В документах XVII–XVIII веков подобные прозвища часто фиксировались в переписных книгах, но конкретных записей о первых носителях фамилии сохранилось мало — что неудивительно для родов, вышедших из крестьянской среды.