Фамилия Улишев — одна из тех, где на первый взгляд всё ясно, но при ближайшем рассмотрении открывается несколько равноправных версий. Корень «Улиш-» не даёт однозначной подсказки, и этимологу приходится выбирать между тремя основными источниками: именем, прозвищем или топонимом.

Самая вероятная версия — от канонического крестильного имени Улиан (просторечная форма Иулиан, Ульян). В русской народной среде имя Ульян часто звучало как Уля, Улиха, Улиш. От уменьшительной формы Улиш с помощью стандартного патронимического суффикса -ев и возникла фамилия Улишев. Другими словами, Улишев — это «сын Улиша», то есть потомок человека, которого в быту звали Улиш вместо полного Ульян. Такая модель характерна для центральных и северных губерний России, где суффикс -ев часто присоединялся к основам, оканчивающимся на шипящий.

Вторая версия — прозвищная. В северных и сибирских говорах слово «улиш» могло означать нечто, связанное с «улиткой» или «улицей» (например, «улишный» — тот, кто много времени проводит на улице, бродяга или шатун). Однако эта гипотеза слабее, так как прозвище Улиш не фиксируется в исторических документах как распространённое, в отличие от многочисленных записей крестьян Улишевых в переписных книгах XVII–XVIII веков.

Третья, более редкая возможность — происхождение от названия населённого пункта. В России есть несколько деревень с названием Улишево (например, в бывшей Вологодской губернии). В этом случае фамилия могла достаться человеку, который переехал из такой деревни и получил прозвище Улишевский, сокращённое затем до Улишев. Но для фамилий на -ев топонимическая версия менее типична, чем для фамилий на -ский.

Интересно, что фамилия Улишев почти не встречается на юге России и в Поволжье. Её ареал — преимущественно север и северо-восток европейской части страны: Вологодская, Архангельская, Кировская области и Пермский край. Это косвенно подтверждает связь с именем Ульян, которое было особенно популярно именно в старообрядческой и крестьянской среде Русского Севера. Сословно предки Улишевых, скорее всего, были государственными или монастырскими крестьянами — никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.