Фамилия Усаин — редкая и неочевидная для русского уха. На первый взгляд она напоминает фамилию с патронимическим суффиксом -ин, который обычно образует отчества от основ на -а/-я (Илья — Ильин, Фома — Фомин). Однако в данном случае основа «Уса» не является распространённым русским именем или прозвищем. Разгадка лежит в иной языковой традиции.

Скорее всего, фамилия Усаин имеет тюркское или арабо-тюркское происхождение. В основе лежит имя Усаин — один из вариантов произношения арабского имени Хусейн (в тюркской передаче — Усейн, Усаин). Это имя чрезвычайно распространено у мусульманских народов: в татарской, башкирской, казахской, узбекской средах. Хусейн — внук пророка Мухаммеда, и имя это почитаемое, так что фамилия могла быть образована от имени предка-мусульманина.

Русский суффикс -ин в данном случае — показатель адаптации. Когда носитель фамилии оказывался в русскоязычной среде (например, среди татар-мишарей, служилых татар Московского государства или в среде крещёных татар), его имя Усаин превращалось в фамилию по привычной модели: Усаин → Усаинов, но могло закрепиться и без дополнительного суффикса, как Усаин. То есть фамилия могла означать «потомок того, кого звали Усаин».

Встречается фамилия и в форме Усеинов, Усейнов, что подтверждает её связь с именем Хусейн. Географически фамилию Усаин можно встретить в Поволжье, на Урале, в Западной Сибири, а также в Крыму — в среде крымских татар. В русских документах XVII–XVIII веков фамилия могла быть записана как «Усаин» без дополнительных изменений, если носитель сохранял имя в качестве родового прозвания.

Таким образом, фамилия Усаин — не русская по корню, но полностью освоенная русской словообразовательной системой. Её носители — потомки людей, носивших арабское имя Хусейн в тюркском произношении, и живших в регионах тесного русско-татарского взаимодействия.