Основой фамилии Устинина послужило имя Устин. Устиня – народная форма имени Устин, которое происходит от мужского имени Юстин (из латинского имени Юстинус, в основе которого лежит слово justus - «справедливый»). Скорее всего, основатель рода Устининых был выходцем из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Устиня, со временем получил фамилию Устинина.