Фамилия Ваганадзе — яркий пример грузинской модели образования фамилий, и её разбор стоит начать именно с суффикса. Окончание -дзе (в грузинском произношении — «дзе», на русский передаётся как -дзе или -дзе) — один из самых распространённых фамильных суффиксов в Западной Грузии, особенно в регионах Гурии, Имеретии и Аджарии. Он восходит к грузинскому слову «дзе» — «сын», то есть фамилия на -дзе буквально означает «сын такого-то». Это аналог русских фамилий на -ов/-ев, но с чёткой патронимической функцией.

Основа фамилии — «Вагана». Это грузинское имя или прозвище, которое, скорее всего, произошло от арабского имени Ваган (или Вахан), означающего «храбрый», «доблестный». В грузинской ономастике встречается и форма Вага, Ваги. Таким образом, Ваганадзе — это «сын Вагана» или «потомок храброго». В некоторых случаях основой могло стать и грузинское слово «ваги» — «кабан» (символ силы и упрямства), но версия с арабским заимствованием через Персию, где имя Ваган было известно, выглядит исторически более обоснованной: Грузия веками находилась под культурным и религиозным влиянием Персии.

Географически фамилия Ваганадзе встречается преимущественно в Западной Грузии, особенно в регионе Гурия (села вокруг Озургети) и в Аджарии. В Гурии фамилии на -дзе составляют большинство, и Ваганадзе — типичный местный род. В советское время, в ходе миграций, носители фамилии появились в Тбилиси и других городах, но корни остаются в причерноморских районах. Сословно предки Ваганадзе, скорее всего, относились к свободным крестьянам или мелким дворянам (азнаури) — в Гурии большинство фамилий на -дзе не имели княжеского титула, а указывали на родовую принадлежность к определённой общине.

В русском языке фамилия не склоняется, если она оканчивается на -дзе (как и все грузинские фамилии на согласный с окончанием -е). В Грузии её произносят с ударением на второй слог: Вага́надзе, хотя в русской бытовой речи часто смещают ударение на последний слог — Ваганадзе́. По сравнению с другими грузинскими фамилиями, Ваганадзе не слишком распространена (не входит в топ-100 по Грузии), но её носители есть и в России, и в странах бывшего СССР, что делает её узнаваемой для тех, кто интересуется историей Западной Грузии.