Фамилия Ваганчиков — редкий пример, где модель образования «выдаёт» профессию предка точнее, чем сами корни. Основа здесь — не имя и не географическое название, а старое русское слово «ваган» или «ваганка». В словаре Даля «ваганом» называли валёк для стирки белья — тяжёлую деревянную колотушку, которой выколачивали грязь на реке. Человек, делавший такие вальки, мог получить прозвище Ваган, а его сын или внук уже записывался как Ваганчиков.

Суффикс «-чиков» — уменьшительно-профессиональный. В русских фамилиях он обычно указывает на занятие: «сын того, кто делал ваганчики». То есть предок носителя фамилии был, скорее всего, ремесленником — токарем или плотником, специализировавшимся на изготовлении вальков для стирки. Это узкая, почти забытая специальность, что и объясняет редкость фамилии.

Есть и вторая, менее вероятная версия: «ваган» в северных говорах означало «житель Ваги» — реки в Архангельской области. Тогда Ваганчиков — потомок выходца с Ваги, а суффикс «-чиков» мог возникнуть как вариант более частого «-ец» (ваганец → Ваганчиков). Но эта гипотеза слабее: суффикс «-чиков» редко образует фамилии от названий жителей, для этого обычно использовали «-ов» или «-ин».

Фамилия не попала в число дворянских или купеческих — её носители, судя по архивным данным XIX века, были крестьянами и мещанами центральных губерний. Встречается она в основном в бывших Владимирской и Нижегородской губерниях, где было развито отходничество — плотники и столяры уходили в города на заработки. Так ремесло валька, забытое в XX веке, осталось жить в фамилии.