Фамилия Вагулин образована от имени или прозвища Вагула. В основе, скорее всего, лежит диалектный глагол «вагулить» — в некоторых северных и сибирских говорах это значит «медлить, мешкать, возиться». Человека с таким прозвищем могли назвать за неспешность, вдумчивость или, наоборот, за привычку тянуть время. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Вагулин буквально означает «сын Вагулы» или «из семьи Вагулы».

Есть и вторая, менее распространённая версия: Вагула — это вариант крестильного имени Варфоломей в его народной, упрощённой форме. В русской традиции длинные библейские имена нередко сокращали до одного-двух слогов: Варфоломей превращался в Вахрамея, Фому, а в отдельных говорах — и в Вагулу. Однако эта гипотеза слабее: переход «Варфоломей → Вагула» не типичен для большинства русских диалектов, тогда как прозвищная версия опирается на живую лексику.

Словообразовательная модель у фамилии редкая. Суффикс -ин в сочетании с основой на -а характерен для северных и центральных областей России: Вагулин, как и Козулин, Батурин, образован от имени на -а. Географически фамилия встречается в основном в Поволжье и на Урале — в Пермском крае, Кировской области, Удмуртии. В этих местах слово «вагулить» действительно бытовало, что делает прозвищную версию наиболее правдоподобной.

Сословная принадлежность Вагулиных не закреплена за одним кругом: в переписях XIX века встречаются и государственные крестьяне, и мещане. Фамилия не дворянская, не купеческая — типичная крестьянская или посадская, что подтверждается её прозрачной, бытовой основой.

Родственные фамилии — Вагин, Ваганов, Вагуров — имеют другие корни (от «вага» — весы или от имени Вага), и путать их с Вагулиным не стоит. Фамилия Вагулин стоит особняком: её ядро — не предмет или орудие, а действие, черта характера, что делает её скорее психологической, чем профессиональной характеристикой предка.